Ženeva leží v jihozápadním cípu Švýcarska, na hranici s Francií, kde ze Ženevského jezera vytéká řeka Rhône. Druhou řekou ve městě je Arve, slévající se s Rhône ještě ve městě, na místě Jonction. V blízkosti města se na západě táhne pohoří Jura, na jihu a na východě západní Alpy. Z města je za dobrého počasí vidět zasněžený Mont Blanc, nejvyšší horu Evropy (4807 m), vzdálenou asi 70 km na jihovýchod.